Funktionieren deine Plugins nach dem Update auf WordPress 2.8 nicht mehr „richtig“? Das kann unter anderem daran liegen, das in deinem Theme im Fußbereich (footer.php) nicht wp_footer() aufgerufen wird. WordPress hat es Plugin-Entwicklern erleichtert JavaScript usw. aus dem Header in den Footer auszulagern.

Wenn der folgende Code nicht in der footer.php vorhanden ist, kann es vorkommen das in den Footer ausgelagertes JavaScript nicht eingebunden wird.

<?php wp_footer(); ?>

Also schnell die footer.php kontrollieren und eventuell nachbessern.